생태계란 생물과 그것을 둘러싸고 있는 무생물이 서로간의 유기적 관계를 유지하는 하나의 조직체로써 작게는 작은 연못의 생태계에서 크게는 지구생태계에까지 생각할 수 있다. 생태계 중에서 생물체는 기능적으로 생산자(녹색식물)·소비자(동물)·분해자(세균 또는 미생물)로 구분된다. 태양으로부터 오는 빛에너지는 생산자에 의해서 유기질로 변화되고(광합성), 이는 다시 먹이연쇄를 통하여 저차(低次)소비자에서 고차(高次)소비자까지 운반된다.
생산자·소비자의 배출물이나 유체는 분해자에 의하여 분해 되고 다시 무기물이 되어 환경으로 되돌아온다. 이러한 일련의 순환은 최초의 에너지원인 태양에너지와 스스로 치유하는 능력인 자정작용에 의해 지속적으로 유지되어지며, 그 덕으로 생태계는 항상 평형상태를 유지하게 된다. 이것을 생태계의 평형 이라고 하고 생태계의 이러한 성질을 항상성(恒常性)이라고 한다.
민물의 생태계에서도 생태계의 평형이 이루어지는데 각각의 생물적 요소는 다음과 같다. 생산자로서는 수생식물인 수초와 부유성 식물플랑크톤 등이 해당되며 저차소비자로는 동물플랑크톤, 수서곤충, 민물조개 등이 있고 고차소비자로는 물고기가 있다. 분해자로는 물곰팡이, 수중박테리아 등이 있다. 민물에서도 에너지는 먹이연쇄를 통하여 흐르고 있으며 그곳에 살고 있는 생물들이 필요로 하는 물질들은 끊임없이 순환하여 하나의 생태계를 이루고 있다. 그러나 민물의 생태계는 폐쇄된 환경의 특성상 안정성과 생산성이 약한 것이 특징이다.
민물생태계는 물의 흐름에 따라 유수생태계와 정수생태계로 나눌 수 있는데 하천처럼 물이 흐르는 곳을 유수생태계라 하고 댐, 저수지 등과 같이 물의 흐름이 없는 곳을 정수생태계라 한다. 하천은 물의 흐름으로 인해 끊임없이 공기 중으로부터 산소가 녹아들어가 정수(저수지, 댐, 늪)보다 용존산소(물속에 녹아있는 산소)의 양이 풍부하고 오염물질이 쉽사리 씻겨 나가므로 민물고기가 생활하기에 비교적 좋은 환경이다. 그러나 좋은 환경에 익숙해져 있는 이곳 민물고기들은 산소의 양에 민감하여 적은 오염원에 대해서도 치명적인 영향을 받을 수 있다. 하천과 달리 댐, 저수지등의 정수생태계는 공기중으로부터 녹아들어가는 산소의 양이 적고 깊은 곳까지 잘 분산되지 않으므로 하천에 비해 용존산소량이 적고 자정작용도 원활하지 못하다. 때문에 대부분의 댐과 저수지, 늪에서는 1급수에 사는 갈겨니, 어름치, 버들치 등은 찾아보기 어렵고 내성이 강해서 3급수에서도 잘 견딜 수 있는 잉어, 미꾸리, 붕어 등이 서식하고 있다.